四川农业大学农学院历史可追溯到1906年的四川通省农业学堂农科专业，1935年四川通省农业学堂并入国立四川大学后，为四川大学农学院下设的农学系。1956年四川大学农学院迁至雅安独立建校，下设农学系，其后根据发展需要学校陆续将部分学科或专业拆分单独建所，如水稻研究所、小麦研究所、玉米研究所，2010年10月，农学院整体从雅安搬迁至成都校区，与2021年获批的西南作物基因资源发掘与利用国家重点实验室，形成了“一院三所一室”融合办学格局。目前学院已形成本科教育、研究生教育、博士后流动站等多层次人才培养的教育结构，是以新农科建设为引领、服务国家粮食安全战略和区域社会经济重大需求单位。

学院现在拥有一支由院士领衔、长江学者和国家杰青为核心的教师队伍。拥有作物学、植物保护2个一级学科博士学位授权点，作物栽培学与耕作学、作物遗传育种等6个二级学科博士学位授权点，作物遗传育种、作物栽培与耕作学、药用植物学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学6个硕士学位授权点，农艺与种业、资源利用与植物保护2个专业学位授权点。开设有农学、植物保护、种子科学与工程、中草药栽培与鉴定和智慧农业5个本科专业，其中农学、植物保护、种子科学与工程获批国家级一流专业建设点，中草药栽培与鉴定获批省级一流建设点。拥有国家级教学团队1个，国家级实验教学示范中心、教育部作物学学科创新引智基地（作物学“111基地”）等部省级教学科研平台7个。

“十二五”以来，承担国家“973”计划、“863”计划、 转基因重大专项、国家自然科学基金等国家及部省级科研课题和国际合作研究课题200多项，先后获国家和省部级奖励120余项，新品种、新技术累计创社会经济效益达3000多亿元，其中大豆-玉米带状复合种植技术内容三次写入中央一号文件。

同时大力拓展国际合作与学术交流领域，先后与美国、日本、英国、加拿大、荷兰、新西兰等国家建立了长期的人才培养和科学研究合作关系。

学院作为国家“双一流”建设学科--作物学科的归口单位，大力弘扬“爱国敬业、艰苦奋斗、团结拼搏、求实创新”的“川农大精神”，继续秉承“追求真理、造福社会、自强不息”的校训，致力于我国种源“卡脖子”和粮食安全生产问题，聚焦国际科学前沿，创新培养模式，培育卓越人才团队，产出一流科研成果，成为国家一流人才培养摇篮。